安政六年（1859）に来函したパリ外国宣教師メルメ・デ・カッション(Mermet de Cashon) が建てた仮聖堂から歴史が始まると言うから、有名な長崎の大浦天主堂（慶応元年（1865）献堂式）より古いことになります。その後、何度かの火災によって建てなおされ、大正13年（1924）に現在の姿になりました。

寒色系の色使いのハリストス正教会の向かいに建って、対照的な赤系の屋根と肌色の壁が雪の中で少しだけ暖かそうに見えます。

最近の写真では門の左に「カトリック元町教会」右に「天主公教會」と見えますが、左の写真では左が単に「カトリック教會」右は「元町白百合幼稚園入口」となっていました。幼稚園は今もあるそうです。